大牛之前曾失踪过，那位恩人让他躲藏到山洞，没想到这次会死，他们早就想到会有这一天，萍儿也不想活了，哥哥的死对她打击很大，她期待那些人对自己下手，恩人只是派人送了一些东西给她，萍儿不知道该依靠何人，思琪劝她，萍儿不想连累周新。萍儿带思琪等人来到那条秘密通道，岔路上方有一个秘密山洞，那是她和哥哥无意中发现的，每次遇到危险就会藏在那里。
思琪等人来到大牛曾经藏身的地方，地上都是大牛运送盐包的证据，竹条上刻着盐包数，思琪简单算了一下那些盐能值上百万两银子。思琪找周新汇报山洞里的竹条，等他们再回山洞时竹条已被烧毁，小扣子在山洞中看到有人闪过，追赶出去时已没有踪影，周新命人拿走物证。萍儿夜里听到响动后警觉起来，他清楚有人想杀人灭口，思琪路过看到黑衣人逃走。
萍儿看到哥哥留下的遗物，陆渊很愤怒，他的大声喊出时周新进门，周新知道陆渊是偷运私盐的参与者，也知道大牛被孟元禄所杀。陆渊夜里叫醒孟元禄兴师问罪，孟元禄否认他杀了大牛，还怀疑是京城来的杀手，孟元禄也是中间办事人，陆渊想到幕后黑手。周新提醒陆渊，陆渊实言相告。纪纲来到盐官镇，他不相信周新有观潮的雅兴，周新随后见到岳父梁大人。
跟随而来的余人杰被周新指责，余人杰担心追查下去会牵连更多人，周新劝他自重。梁大人借机叫周新过去看潮，纪纲坐在一旁，周新和纪纲聊起余人杰，还谈到盐官镇贩卖私盐之事。梁大人叫周新单独谈话，周新提到案情，梁大人不想过问盐政之事，他让周新自己拿主意。
盐官镇大潮袭来，众人拍手叫好，孟元禄出现在潮水岸边，潮水袭来，陆渊冲过去相救，结果陆渊被潮水卷走，孟元禄被救上岸时已奄奄一息，所幸运抢救及时才活过来。周新带人去了陆渊家，陆渊的儿子陆自清带他们进门，陆家多年来没置办过田产，也没修缮过房屋，家人知道陆渊被潮水卷走后十分伤心。孟元禄带家眷回故乡，余人杰很羡慕他这种日子。陆自清想知道父亲死因，他找周新询问原委，陆自清明白父亲替别人偷运私盐之事。
铁面御史第29集剧情介绍周新看到陆自清拿出的家信，他祝福他能和萍儿在一起。思琪和萍儿惜别，周新跟随梁大人离开，梁大人已派人沿途驿站给陆自清一行人方便，周新清楚陆渊早把萍儿当儿媳妇，他知道案件背后另有主谋，陆渊别无选择，那里的盐工人拼命干活地能勉强活命。
陆渊向周新承认那个山洞里的黑影就是他，他那样做也是为了大牛，大牛不知轻重，陆渊也是在保护周新，他不愿意为周新固执而损害盐工。陆渊死前曾交待萍儿要把他的灵牌送回老家，谁要都不能给，陆自清想看灵牌，萍儿交到他手上，陆自清看到上面的字，他清楚父亲早已经做好赴死的打算，陆自清想和萍儿回去后过平安的日子。
一群倭寇带刀冲入沿海城镇的街上见人就杀，各地官府无力剿杀，皇上也感到不安，漠北烽烟又起，沿海又有倭寇作乱，朝中大臣各抒自已见，老将军鲁玮毛遂自荐，守城门的差事暂交纪纲代管，鲁玮被封正三品指挥使带兵出征赴浙江剿杀倭寇。官军与倭寇激战，各有死伤，鲁玮给朝廷传去捷报。
皇上深夜收到急件，看完后急召众臣议事，奏折上说明倭寇袭击墨水镇之事，一户姓裘的人家被洗劫，鲁玮驻扎的地方离墨水镇不远，众臣抱怨，纪纲怀疑沿海的关口没把守好，有人还怀疑有内鬼接应，皇上最后决定让周新协助鲁玮查清此案，周新收到皇命后准备带小扣子前往，小扣子也不清楚思琪几天来的行踪。
周新带人来到墨水镇，鲁玮对他们的到来并不欢迎，周新命李顺和张万勘察尸体伤口，几乎都是一刀致命，但背后的古玩和字画都动，在街上打听裘福全家被杀之事，镇上只有几百户人家，裘福家算是大户，在老百姓们的口碑中很好。
铁面御史第30集剧情介绍周新收到消息，又有一家姓裘的全家被杀，周新带人赶往，现场惨不忍睹，询问之后才知道男主人是裘贵，他和裘福是堂兄弟关系，裘家没死绝，下人阿鱼侥幸逃生，周新知道后马上前去询问，他想知道阿鱼看到的一切，阿鱼把看到情况告诉周新，为首的人逼问裘贵家里的金银财宝，那些人说的都是汉话，裘贵被打后说出家中地窖。
鲁玮带士兵在街上巡逻，马车上箱子里都是倭寇的头颅，还大声宣传让老百姓们放心。周新带人强行去见鲁玮，鲁玮闭门不见，李顺和张万出手对付看守，周新顺利入府，鲁玮出门指责周新，周新解释原由，他指出鲁玮谎报军情，鲁玮请周新入内。
鲁玮根本没想仔细调查，周新分析案情，请功时证词很关键，鲁玮担到蒋昭，周新想见时被拒绝，再三要求之下蒋昭被叫入室内，蒋昭对周新十分无礼，他说明那天剿灭倭寇的情形，周新提出查看截获脏物，他在院里见到那些金银财宝。周新派人挖掘死者尸体，那足以证明受过严刑拷打，死者手腕有伤，周新确认被杀的都是囚犯。
周新回去后病倒，李顺和张万十分着急。裘贵的女儿从外乡听到家中变故，她到娘家要进门时被官军拦截，小扣子和张万看到后把她带回去。周新晕迷之中喊叫思琪的名字，小扣子和素云留在客栈，听到卖包子的声音后小扣子跑过去买包子，等他回来后素云不见了，张万和李顺出门寻找，问了店家后才知道素云被官兵押上马车后带走。
张万和李顺曾留意那辆马车，马车上有蒋昭的徽标，他们去军营试探后发现不是鲁家军所为。思琪骑马来到客栈，得知周新生病后十分紧张，思琪冲入房中看到周新躺在床上，她试图叫醒周新，周新突然醒来，他用手抓住思琪，郎中说他是心情郁闷才晕倒，周新想回杭州了。
